O módulo Clínica 2009 foi desenhado a pensar sobretudo em centros de saúde e clínicas, para que estas instituições possam manter os ficheiros clínicos dos seus pacientes protegidos e organizados. Desta forma, cada especialista terá ao seu dispor a informação clínica de que necessita, ao mesmo tempo que verá o seu acesso a essas informações restrito às suas marcações e aos seus pacientes. Os médicos terão, assim, acesso a dados pessoais, dados clínicos e de diagnóstico, e historial clínico do paciente a partir de um único local, protegido por palavra-chave.
O módulo dispõe ainda de funcionalidades de agenda e controlo de marcações, a partir das quais é possível gerir as marcações de consultas ou a agenda diária. A funcionalidade de agenda inclui também um motor de pesquisa para facilitar a procura de dias com vagas em determinadas horas, ou para pesquisar informações de pacientes.

A integração do Clínica 2009 com o módulo PHC Gestão é completa, tornando possível ligar as vertentes clínica e financeira da solução. Com os dois módulos, as clínicas e os centros de saúde passam a dispor, para além das funcionalidades clínicas, de funcionalidades relacionadas com a gestão financeira, como facturação, emissão de recibos, controlo de contas correntes ou gestão de serviços. E é ainda possível alargar a integração financeira aos restantes módulos de software de gestão da PHC.